Tal y como estaba previsto un cohete Soyuz 2–1A despegó del emplazamiento 31/6 del cosmódromo de Baikonur a las 16:23:57 UTC del 31 de marzo de 2016 con la cápsula de carga Progress MS–2 como única carga.
Tras un ascenso sin problemas la MS–2 se deparó de su lanzador, quedando en una órbita inicial de 240 kilómetros de altitud a partir de la cual se irá acercando a la Estación Espacial Internacional para atracar en el módulo Zvezda de esta a las 18:01 UTC del 2 de abril.
Dado que es sólo el segundo lanzamiento de una Progress de la variante MS su aproximación a la EEI será de 34 órbitas en lugar de la de dos órbitas que se utiliza con las naves ya probadas, precisamente para que dé más tiempo a los responsables de la misión de comprobar los nuevos sistemas.
La MS–2 lleva a bordo 2500 kilos de suministros que incluyen combustible, gases a presión para ser liberados en la atmósfera de la Estación, hardware para los sistemas de esta, material para experimentos, y comida, agua y suministros para la tripulación.
