Después de permanecer atracada en la Estación Espacial Internacional durante 198 días, 15 horas y 44 minutos la cápsula de carga Progress MS-09 desatracaba del módulo Pirs a las 13:55, hora peninsular española, del 25 de enero de 2019.
Como es habitual iba cargada de material de desecho y ya no necesario en la Estación. Pero a diferencia de algunas de sus predecesoras inmediatas la cápsula no tenía programado ningún experimento extra, así que a las 17:08 encendía sus motores para iniciar la maniobra de reentrada controlada en la atmósfera, que se produjo a las 17:41. Cualquier resto que pudiera haber sobrevivido a la reentrada habrá caído en una región remota del Pacífico sur a las 17:50. Deja a bordo de la EEI 2.450 kilos de carga que incluyen comida, combustible, y otros suministros como 50 kilos de oxígeno y aire y 420 kilos de agua
Ha sido una misión estándar en lo que a las Progress se refiere, aunque con la MS-09 Roscosmos por fin pudo poner en uso la trayectoria rápida entre el cosmódromo de Baikonur y la EEI que permitió a la cápsula atracar en la Estación 3 horas y 40 minutos después de su lanzamiento, lo que es un récord absoluto. Para poder utilizar esta trayectoria es necesario ajustar la órbita de la Estación y afinar hasta en los segundos la hora de lanzamiento de la cápsula, así que era ya el tercer intento.
En el futuro más Progress utilizarán esta trayectoria express a modo de práctica antes de que por fin se comience a aplicar en el lanzamiento de cápsulas Soyuz tripuladas.
En la EEI quedan ahora mismo la Progress MS-10, la Cygnus 10, cuya partida está prevista para el 8 de febrero, y la Soyuz MS-11. La próxima Progress en llegar a la EEI será la Progress MS-11, cuyo lanzamiento está previsto para abril de 2019.